Dans le secteur agricole, la notion des bonnes pratiques est plus connue et utilisée dans les processus de production, de transformation et de stockage. Dans ce cadre, les acteurs sont invités à suivre un certain nombre de directives et de comportements afin de garantir à leur produit une qualité irréprochable. Cela leur permet d'accéder plus facilement à la certification et aux marchés. Mais depuis quelques années les bonnes pratiques s'invitent dans les organisations professionnelles agricoles où les responsables des OP sont invités à soumettre leur organisation à une analyse de la fonctionnalité et de la gouvernance.
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